Team Rynkeby drives av Team Rynkeby Fonden, som er organiseret på følgende måte.

Team Rynkeby Fonden består av et styre med seks medlemmer: Mark Hemmingsen (bestyrelsesformand), CEO i Rynkeby Foods, Peter Frank Andersen (nestleder), Magnus Berndtsson, General Manager i Eckes-Granini Sweden, Torsten Fröhlich, Director Controlling i Eckes-Granini Group GmbH, Juha Helokoski, General Manager i Eckes-Granini i Finland, Katrine Bjerrum, Marketing Director i Rynkeby Foods A/S og Heidi Frederikke Sigdal, Journalist.

Les mere: Team Rynkeby Fondens vedtægter

Team Rynkebys ledelse varetas af Team Rynkeby Fondens CEO sammen med en Country Manager i hvert av de land Team Rynkeby er representeret i. Det er typisk Country Manageren, som styregrupperne og deltagerne i de enkelte land har den løpende kontakt med.

Hvert lag ledes av en Team Manager (holdkaptajn) sammen med en Steering Committee (styringsgruppe) består av deltagere med ulik kompetanse. På hvert lag er der dessuten en nøkkelpersoner med ansvar for blant annet økonomi, sponsorer, PR og service – disse vil ofte utgjøre lagets styringsgruppe (men behøver ikke gjøre det). 

Team Rynkebys lokale lag er dessuten tilknyttet et nettverk bestående av tidligere deltagere. Nettverket heter Team Rynkeby Cycling Club og ledes av en TRCC Manager, som den lokale Team Manager (lagkaptein) udpeker for et år av gangen i samarbeid med Country Manageren i det gjeldende land.